Históricamente el término bautista se utiliza por primera vez para distinguir un grupo de iglesias en Inglaterra en el siglo XVII. Desde ese momento tenemos una sucesión ininterrumpida de iglesias llamadas bautistas.

Las iglesias bautistas no consideran a ninguna persona como su fundador. La Iglesia Católica Romana considera a Pedro su fundador. La Iglesia Luterana tiene como fundador a Lutero. Juan Calvino es el fundador de la Iglesia Presbiteriana. La Iglesia Anglicana encuentra su origen en el rey Enrique VIII. La Iglesia Metodista tiene como su fundador a Juan Wesley.

El espíritu bautista y los principios bautistas han existido desde la época apostólica. Los “bautistas” han existido desde los comienzos del cristianismo.

A través de la historia de la iglesia siempre han habido grupos que han sostenido prácticas parecidas a las que los bautistas sostienen. En los primeros siglos surgieron los Montanistas (S.II), los Novicianos (S.III), los Donatistas (S.IV), los Paulicianos (S.V). Estos grupos aunque surgieron en épocas diferentes y tenían prácticas diferentes coincidían en varios aspectos. Sostenían que el Nuevo Testamento era su única norma de fe y práctica. Rechazaban el bautismo de infantes. Afirmaban que la membresía de la iglesia era una regenerada. Practicaban el bautismo por inmersión. Posteriormente surgen otros movimientos disidentes en la iglesia -Valdenses, Albigenses, Pobres de Lyon- sosteniendo prácticas parecidas a las bautistas. Durante el periodo de la Reforma Protestante, siglo XVI, surgen grupos que son identificados con el término anabautistas. Este término fue usado indiscriminadamente para nombrar todo grupo que difería de los grupos reconocidos en la Reforma Protestante. Bajo ese término se incluyeron grupos que no tenían nada en común. Los grupos que propiamente eran anabautistas tenían varios conceptos comunes. Entre estos se encontraban; el rechazo del bautismo de infantes, la práctica del bautismo por inmersión, la membresía de la iglesia como una regenerada, La Biblia como única norma de fe y práctica, la libertad de conciencia, y la separación iglesia y estado.

A principios del siglo XVII surge dentro de la Iglesia Anglicana en Inglaterra un movimiento puritano-separatista. Este movimiento afirmaba que la Iglesia Anglicana necesitaba reformas mayores. Señalaba que esa iglesia podía ser reformada por personas cuya lealtad fuera únicamente a la Palabra de Dios. Fue un movimiento espontáneo que surgió debido al énfasis sobre la lectura y el estudio del Nuevo Testamento. Ese esfuerzo reformador fue perseguido por la Iglesia Anglicana. Surgieron pequeñas congregaciones. La persecución fue tal que algunas de esas congregaciones tuvieron que emigrar a Holanda. Es en medio de esta situación que surge el grupo de “peregrinos” del Mayflower que llega a Norte América huyendo de la persecución religiosa.

Roger Williams, un ministro separatista inglés, fundó en 1636 la colonia de Rhode Island. Fundó en Providence, Rhode Island en el año 1639 la primera iglesia bautista en Estados Unidos. Posteriormente las iglesias bautistas comenzaron a desarrollarse libremente en ese país.

La obra misionera moderna comenzó en el año 1793 con William Carey un bautista inglés que se desplazó a India para hacer labor misionera. Adoniram Judson y Luther Rice fueron comisionados para el servicio misionero por varias iglesias de los Estados Unidos en 1812 motivados por la labor de William Carey. En su viaje a India para unirse a la obra de William Carey aceptaron las enseñanzas bíblicas de los bautistas. Esta decisión de Judson y Rice provocó la creación de la CONVENCION MISIONERA GENERAL DE LA DENOMINACION BAUTISTA DE LOS ESTADOS UNIDOS PARA MISIONES EN EL EXTRANJERO. En el año 1817 Joe Mason Peck y James Welch comenzaron un trabajo misionero en Missouri. Otras obras misioneras comenzaron en los Estados Unidos. La necesidad de materiales para esta tarea hizo que surgiera en 1824 la SOCIEDAD DE TRATATADOS DE LOS BAUTISTAS GENERALES. LA SOCIEDAD DE MISIONES DOMESTICAS BAUTISTAS AMERICANAS surgió en 1832 para sostener la obra misionera en los Estados Unidos.

La tensión racial que surgió en los Estados Unidos comenzó a sentirse en estas tres asociaciones bautistas. La esclavitud era considerada mala por la mayoría de los bautistas. Una pequeña minoría de los bautistas estuvo dispuesta a aferrarse a ella. El surgimiento del movimiento abolicionista en el norte de los Estados Unidos provocó que los bautistas de las iglesias del área norte y los bautistas del área sur se fueran distanciando. Había bautistas en funciones de liderato en ambos bandos de la contienda racial. La CONVENCION MISIONERA GENERAL DE LA DENOMINACION BAUTISTA DE LOS ESTADOS UNIDOS PARA MISIONES EN EL EXTRANJERO se había declarado neutral en cuanto a la esclavitud. Luego de una discusión del asunto aprobó la siguiente declaración: “Que al cooperar juntamente como miembros de esta convención en la obra de misiones extranjeras, rechazamos toda sanción, ya expresa o implícita, en favor o en contra de la esclavitud; pero como individuos somos libres para expresar y promover en otra parte nuestras opiniones sobre estos asuntos en una manera y espíritu cristianos.” Posteriormente la Junta Directiva de la convención al responder a unos asuntos relacionados con esta contienda expresó: “Si alguien se ofreciera como misionero, teniendo esclavos, e insistiera retenerlos como de su propiedad, no podríamos nombrarlo. Una cosa es cierta, nunca podremos ser parte en un arreglo que implique la aprobación de la esclavitud.” Un grupo de iglesias del área sur de los Estados Unidos reaccionando a la posición de la Junta Directiva de la CONVENCION MISIONERA GENERAL DE LA DENOMINACION BAUTISTA DE LOS ESTADOS UNIDOS PARA MISIONES EN EL EXTRANJERO organizaron en Augusta, Georgia la CONVENCION BAUTISTA DEL SUR. Después de la Guerra Civil surgieron muchas iglesias bautistas negras en los Estados Unidos. Estas iglesias, viendo la necesidad que tenían de unirse para establecer obra misionera y publicar materiales para su trabajo, formaron la CONVENCION BAUTISTA NACIONAL en 1886. Las otras iglesias que habían formado la CONVENCION MISIONERA GENERAL DE LA DENOMINACION BAUTISTA DE LOS ESTADOS UNIDOS PARA MISIONES EN EL EXTRANJERO, la SOCIEDAD DE TRATATADOS DE LOS BAUTISTAS GENERALES y la SOCIEDAD DE MISIONES DOMESTICAS BAUTISTAS AMERICANAS se unieron en el año 1907 en lo que se conoció como la CONVENCION BAUTISTA DEL NORTE. En el año 1972 se transformó en lo que actualmente se conoce como las IGLESIAS BAUTISTAS AMERICANAS.

Durante los años de 1899 y 1900 llegaron las primeras denominaciones evangélicas a Puerto Rico. Al llegar se dividieron la isla para el trabajo evangelístico. En términos generales los PRESBITERIANOS laborarían en el área oeste; los DISCIPULOS DE CRISTO en el área norte, los grupos que formaron los EVANGELICOS UNIDOS en el área este, y los BAUTISTAS en el área central en una diagonal de San Juan a Ponce. Los primeros misioneros bautistas en nuestro país fueron el Dr. Hugo P. McCormick en el área de Río Piedras, el Dr. A. B. Rudd en el área sur y el Rdo. Edgar L Humphrey en el área central. En el 1902 surgió la ASOCIASION DE IGLESIAS BAUTISTAS DE P.R. como producto de este trabajo misionero.

La primera iglesia bautista en Puerto Rico fue la Primera Iglesia Bautista de Río Piedras fundada en el año 1899. La Primera Iglesia Bautista de Ponce fue la primera congregación en tener su propio templo en el año 1902. La Primera Iglesia Bautista de Caguas fue la primera iglesia que se declaró en sostenimiento propio.

La Primera Iglesia Bautista de Cayey fue fundada el 23 de septiembre de 1902. Siete (7) meses antes, más o menos, habían aparecido por Cayey el Rvdo. Hugo P. McCormick y Don Carmelo Díaz Núñez, dos de los pioneros de la obra bautista en Puerto Rico. La iglesia comenzó con catorce (14) miembros los cuales fueron bautizados en la quebrada que estaba situada detrás del Telégrafo Insular.